Τα Τομεακά Προγράμματα αφορούν ένα ή περισσότερους τομείς της οικονομικής και κοινωνικής ζωής και έχουν ως γεωγραφικό πεδίο εφαρμογής όλη τη χώρα.

Πιο συγκεκριμένα τα Τομεακά Προγράμματα του ΕΣΠΑ 2021-2027 είναι τα εξής:

• ​​Ανταγωνιστικότητα
  
  
• Ανθρώπινο Δυναμικό και Κοινωνική Συνοχή
  
  
• Ψηφιακός Μετασχηματισμός
  
  
• Περιβάλλον και Κλιματική Αλλαγή
  
  
• Μεταφορές
  
  
• Πολιτική Προστασία
  
  
• Δίκαιη Αναπτυξιακή Μετάβαση 
  
  
• Τεχνική Βοήθεια και Υποστήριξη Δικαιούχων
  
  
• Αλιεία, Υδατοκαλλιέργεια και Θάλασσα​