Το σύστημα Παρακολούθησης και Αξιολόγησης της Εθνικής Στρατηγικής Έξυπνης Εξειδίκευσης (ΕΣΕΕ) 2021-2027 αποτελεί ουσιαστικό μέρος του κύκλου πολιτικής και διακυβέρνησης της ΕΣΕΕ 2021-2027. 

Καταγράφει τα επιτεύγματα και τα σημεία υστέρησης ως προς τους στόχους της Στρατηγικής και τροφοδοτεί τον σχεδιασμό και την εφαρμογή της Στρατηγικής βάσει στοιχείων. Αξιολογεί την αποτελεσματικότητα, την αποδοτικότητα και γενικότερα την συμβολή της ΕΣΕΕ στον αναπτυξιακό μετασχηματισμό της χώρας.

Πιο συγκεκριμένα, η παρακολούθηση της ΕΣΕΕ 2021-2027 θα βασιστεί σε στοιχεία των συστημάτων παρακολούθησης των σχετικών προγραμμάτων και Ταμείων, στην παρακολούθηση όλων των δεικτών του European Innovation Scoreboard (εθνικό επίπεδο) και του Regional Innovation Scoreboard (περιφερειακό επίπεδο) καθώς και στην παρακολούθηση της Διαδικασίας Επιχειρηματικής Ανακάλυψης σε εθνικό και περιφερειακό επίπεδο.