Το ΕΣΠΑ περιλαμβάνει 13 Περιφερειακά Προγράμματα. Κάθε μία από τις ελληνικές Περιφέρειες αποτελεί αντικείμενο ενός περιφερειακού προγράμματος που περιλαμβάνει έργα και ​δράσεις περιφερειακής κλίμακας και αξιοποιεί τα τοπικά πλεονεκτήματα.

Τα 13 Περιφερειακά Προγράμματα είναι:

• ​Ανατολική Μακεδονία, Θράκη
  
  
• Κεντρική Μακεδονία
  
  
• Δυτική Μακεδονία
  
  
• Ιόνια Νησιά​
  
  
• Ήπειρος
  
  
• Θεσσαλία
  
  
• Στερεά Ελλάδα
  
  
• Αττική
  
  
• Δυτική Ελλάδα
  
  
• Πελοπόννησος
  
  
• Βόρειο Αιγαίο
  
  
• Κρήτη​
  
  
• Νότιο Αιγαίο